福建深沪湾海底古森林遗迹于1992年被国务院确定为国家级自然保护区。它位于全国著名侨乡——福建省晋江市的东南端，其具体位置为范围线联结点的地理座标是。保护区总面积27平方公里，其中海域面积22平方公里，陆域面积5平方公里。保护区以保护已有7000多年历史的海底古森林遗迹为核心，还包括海湾内的牡蛎礁和海岸自然地质地貌、名胜古迹、防风林带以及石圳海岸海蚀变质岩自然剖面。



目前，已发现24株古树桩，其中22株在中潮区、2株在低潮区。最大树桩面直径达100厘米，最小为30厘米。树桩露出滩面1—30厘米，时有些被沙淹没，据地震仪测定，古树桩埋藏部分的长度可能为20—25米。
      牡蛎礁由大小不同的牡蛎壳胶结而成，据测定，牡蛎的年龄达1万年左右。牡蛎礁分布在古树桩出露区的南面，两者相距约100米，位于中、低潮区。石圳海岸的大圳山是全国少有的变质混合岩典型剖面，包括各种结晶片岩，斜长角闪岩，变粒岩等。
保护区不但具有重大的科学价值，而且还是旅游胜地。保护区气候条件优越，名胜古迹甚多，在其周围有清朝率兵统一台湾名将”施琅博物馆”，有在闽台一带名闻遐尔供奉妈祖娘娘的“深林寺”、“镇海官”、“百公庙”、“崇真殿”、“宝泉庵”，有壁山栈道、烟墩山峰火台、狮峰石刻等。

        国务院1992年批准建立的保护湾海底古森林遗迹自然保护区，位于福建省晋江市深沪湾内，面积3100公顷，其保护对象为海底古森林、杜蛎礁遗迹、海蚀变质岩等，这种类型的保护区不仅在我国独一无二，即便在世界上也是少有的。保护区的建立对于研究古地理、古植物、古气候以及海洋变迁具有重要价值。
保护区濒临台湾海峡，地理结构奇特，名胜古迹甚多，自然风景优美，社会经济人文条件优越。区内有埋藏于潮间带经历7800多年历史的油杉树遗迹20多棵；又有大片成长于数千年前的壮蛎礁，典型的海蚀红土陵岩、卵石油滩岩和现代堆积中的细沙丘；还有可展示古生代、中生代、新生代等漫长地质历史演变的独特、典型、出露良好、多种多样的海蚀变质岩。保护区的建立，可为研究古海洋、古地理、古气候、古植物，研究台湾海峡地质构造与海平面升降运动及太平洋地质板块运动，研究泉州古港海外交通史提供可靠的科学依据。


长期以来，福建泉州、晋江一带有过"沉东京，浮福建"的古代传说，且影响深远。海底古森林和壮蛎礁遗迹的严格保护，将有利于深沪湾和台湾海峡的地质构造运动和地震的研究。
7000年前的海底古森林和近万年前的壮蛎礁等珍贵的"自然古迹"，以及保护湾海陆变迁的生动史话，无论对科学工作者或是游人都具有极大的吸引力，因而保护区既可对群众进行科普教育，使群众特别是青少年获得科学知识，又可为发展海滨旅游业提供重要的资源。